Un élément important est représentatif de l'ensemble des facteurs qui différencient les méthodes alphabétiques et les méthodes non alphabétiques (exception faite des méthodes globales) ; c'est la démarche, qui peut être qualifiée d'"alphabétique" pour les premières et de "phonologique" pour les dernières. Les méthodes alphabétiques, ou méthodes à départ alphabétique, sont bâties sur un principe de correspondances qui vont des lettres de l'alphabet aux sons. Les méthodes non alphabétiques, ou méthodes à départ phonologique, sont construites sur un système de relations qui unissent les sons aux lettres. Deux approches diamétralement opposées ! Un trait marquant de l'opposition entre les méthodes alphabétiques et les méthodes non alphabétiques réside dans le fait que les méthodes alphabétiques commencent l'apprentissage de la lecture par faire acquérir les lettres de l'alphabet aux enfants, ce que les méthodes non alphabétiques excluent de leur approche (de là une des principales sources des difficultés que l'on a connues dans l'apprentissage de la lecture).

Les méthodes à départ alphabétique sont validées scientifiquement par la conformation à l'exigence de la nature et du fonctionnement du cerveau ou par les neurosciences. Les méthodes à départ phonologique ne sont pas corroborées par les neurosciences. Les résultats scolaires confirment ces conclusions.

Cela dit, non seulement les neurosciences et les résultats scolaires, mais encore la linguistique, la méthodologie de la recherche et la science post-modernes donnent raison aux réformes entreprises par le Ministre de l'Éducation nationale et à l'approche pédagogique de la lecture qu'il recommande, laquelle s'apparente très étroitement à la méthode linguistique.